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赛默飞Ion半导体测序系统在抗击埃博拉病

发布时间:2020-05-22 10:02:59 编辑:笔名
2015年5月22日,上海——2014年年初以来,在利比里亚、塞拉利昂和几内亚等西非国家,埃博拉病毒杀死了超过10000人,造成近25000人受感染 。中国积极响应WHO(World Health Organization,世界卫生组织)呼吁,援助西非抗击埃博拉疫情,派出公共卫生专家组前往疫区。

病原微生物生物安全国家重点实验室童贻刚教授及其团队在西非塞拉利昂抗击埃博拉病毒的线,利用 赛默飞Ion半导体测序系统对埃博拉病毒进行深度测序。测序工作具有非常重要的意义,通过测序可以确认流行的病毒株系,用以进行溯源分析和了解传播路径;由于现有实验室诊断方法(定量PCR)、治疗药物与疫苗研发都与埃博拉病毒基因组序列密切相关,病毒基因突变可能导致定量PCR检测时引物不匹配从而发生漏检,也可能因为突变位点涉及药物或者疫苗作用靶点而产生耐药或者导致疫苗无效,因此通过测序了解病毒的变异对于病毒检测及疫苗、药物的研发都具有重要意义。

此次测序对从去年疫情期9月至11月间收集的175个埃博拉病毒样本进行全基因组序列测定。基于此次测序数据,确定目前在塞拉利昂流行的埃博拉病毒主要株系是由早前发表于《Science》文章中提出的三个主要的流行株中的第三分支进一步演变而产生。此外,此次测序也确认埃博拉病毒的突变速度并没有加快。与之前《Science》测序数据相比,此次测序数据取样时间跨度更长,样本量更大,因此结果更为翔实可靠。

针对此次测序工作,童贻刚教授肯定了赛默飞Ion半导体测序平台的测序速度具有非常明显的优势,能够在24小时内完成从核酸提取到获得测序结果的整个过程;教授同时赞赏半导体试剂具有非常好的性价比,测序芯片多样化,可适用于不同的应用需求。童贻刚教授及其团队在抗击埃博拉病毒的线,通过半导体测序平台所完成的埃博拉病毒深度测序的研究成果“Genetic diversity and evolutionary dynamics of Ebola virus in Sierra Leone”已于5月1 日在《Nature》杂志在线发表(http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature14490.html)。汕头治疗白癜风哪家医院好
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